大漢棒球隊曾在2011年獲第十三屆梅花旗全國大學棒球錦標賽季軍，締造隊史最佳戰績。2010年獲教育部「振興棒球計畫」補助，改善了棒球隊的訓練設備，更讓球隊實力提升，隊史首次晉級春季聯賽資格賽。但參賽面臨龐大設施與器材經費、也因學校位處東部偏遠地區，許多比賽都要離校長途跋涉，整體支出龐大，一直是球隊面臨最大的困難，因此球隊曾在2014年解散停招球員。
近年本校為配合行政院「促進優質學生棒球運動」暨「教育部體育署補助推動學校體育運動發展經費原則」國家體育政策，遵循《國民體育法》精神，積極推展東部棒球運動發展及人才培育，於108學年度重新招收具棒球專長之學生來就讀本校，再次展現出本校推動棒球運動體育的決心與魄力，以具體的行動發掘花東原鄉優秀原住民棒球人才，全力拓展本校棒球隊組訓事宜，為花東地區優秀原住民棒球運動員帶來全新願景，訂定發展藍圖及目標如下：
一、 振興東部原住民棒球運動，藉以厚植國家參與國際體育運動比賽的實力和水準。
二、 提倡原住民體育運動風氣，培養手腦並用、術德兼修的運動觀念，培養健康、活力、永續經營的典範。
三、 訂定「以發掘東部原鄉棒球人才、栽培東台灣優秀運動員」為目標。
四、 形塑花蓮縣體育發展特色，透過本子計畫致力於推動花蓮棒球人才培育基地。